Pada tahun 1998 berlaku krisis bekalan bawang merah dunia menyebabkan harga bawang merah yang biasanya dijual runcit pada purata harga RM 1.20/ kg telah meningkat sehingga RM 5.40/ kg. Krisis ini disebabkan oleh beberapa negara pengekspot utama bawang ke Malaysia seperti India, China, Thailand, Indonesia dan sebagainya mengalami bencana kemarau akibat El nino. Harga yang mahal boleh ditanggung kerajaan Malaysia jika ada bekalan tetapi isunya ialah ia amat sukar untuk mendapatkan bekalan bawang merah ketika itu. Kementerian Pertanian melalui jabatan pertanian melancarkan beberapa program pemerhatian untuk menanam bawang merah.

Walaupun begitu hasil dari itu mendapati beberapa masalah iaitu:-

• Penamanan bawang kurang ekonomik. Kos benih (bawang segar) yang mahal dan belum ada bahan tanaman murah yang sesuai (biji benih masih belum ada.
• Kejadian serangan penyakit pucuk putih mudah berlaku pada setiap umur penanaman dan sukar dikawal.
• Kos buruh agak tinggi untuk kerja-kerja kawalan rumpai sebab racun rumpai tidak boleh digunakan kerana bawang amat sensitif terhadap racun rumpai.
• Harga jualan ladang juga tidak menguntungkan.

Penanaman bawang merah di Malaysia perlukan kajian lebih lanjut dan memerlukan teknologi baru. Teknologi di Indonesia dan Thailand boleh diguna pakai jika betul penanaman bawang hendak ditanam secara komersil di Malaysia.